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[Wkr]

En un sistema del color que sea menos azul, con una única nave azul, al comerciar, ¿puede la nave cambiarse así misma de color desapareciendo el color azul del sistema?.

Sí, puedes cambiar cualquier nave en ese sistema incluida la nave que proporciona acceso al azul.
Y como bien dices, a partir de entonces no tendrás acceso al color azul, salvo que ese sistema sea azul o a no ser que lleves otra nave azul hasta ese mismo sistema.